La carrière de Jean-Paul Scarpitta débute précocement. Poursuivant ses études d’histoire de l’art et d’art dramatique, il organise dès l’âge de dix-neuf ans un festival  de musique et de danse dans la cour du palais synodal de Sens. Il mène dès lors une carrière qui le conduit à collaborer avec de nombreuses personnalités du monde artistique.
Pour la télévision, il réalise notamment une série de trente-sept portraits d’artistes (Liv Ullman, Charlotte Rampling, Rudolf Noureev, Dominique Sanda…). Son vif attachement pour l’étoile du ballet de l’Opéra de Paris, Ghislaine Thesmar, le conduit à la suivre et à la filmer pendant des années. Durant la même période, il se passionne d’abord pour le travail de Giorgio Strehler, puis pour celui de Piero Faggioni, et, se mêlant à leurs équipes respectives, il s’imprègne de leur art. Il acquiert ainsi une expérience de réalisateur qui l’amène à concevoir deux longs-métrages : Désir (1985) avec Marisa Berenson et Ghislaine Thesmar, et La Malaimée (1995), écrit en collaboration avec Jean Aurel, scénariste de François Truffaut. Par ailleurs, il est responsable pendant quinze ans de la Fondation Armand Hammer à Paris et à Londres. C’est pour lui l’occasion de révéler ses talents de commissaire général et de concepteur à travers de nombreuses expositions internationales.
D’autre part, Jean-Paul Scarpitta défend la place de la photographie dans l’art en organisant de grandes expositions dès le début des années quatre-vingt comme, par exemple, celle des soixante ans de Vogue, qui voyagera pendant dix ans, ou encore l’hommage à André Kertész (1988). Il se lie ainsi avec des photographes tels que Jean-Philippe Charbonnier et Richard Avedon.
Son rôle de metteur en scène se confirme dans la conception de spectacles, notamment L’Histoire du soldat de Stravinsky au Théâtre des Champs-Élysées, avec Shlomo Mintz, Carole Bouquet, Gérard et Guillaume Depardieu ou encore La clemenza di Tito.
En 2001, il ouvre la saison du Teatro San Carlo de Naples avec Perséphone et Œdipus Rex de Stravinsky.
Dans le cadre du Festival de Radio France et Montpellier Languedoc-Roussillon, Jean-Paul Scarpitta met en scène Le Carnaval des animaux, Háry János de Kodaly - spectacle repris au Châtelet - Jeanne au Bûcher de Honneger avec Sylvie Testud, sous la direction de Emmanuel Krivine, puis sous celle d’Alain Altinoglu en 2006 – le DVD a obtenu une victoire de la Musique en 2008, à cette occasion Jean-Paul Scarpitta a obtenu un Orphée d’Or,  et la création de Salustia de Pergolèse. A l’Opéra Berlioz, il signe une nouvelle production de Sancta Susanna de Hindemith, couplée avec Œdipus Rex de Stravinsky, Carmen, Die Zauberflöte et un Don Giovanni unanimement acclamée par le public et la critique. En 2009, il conçoit et met en scène Didon et Enée de Henry Purcell pour Opera Junior, Sancta Susanna de Hindemith et Le château de Barbe-Bleue de Bartók.
Il a aussi mis en scène La clemenza di Tito, ainsi que Medea de Cherubini avec Fanny Ardant.
Pour le Festival de Radio France et Montpellier Languedoc-Roussillon, en juillet 2009, il conçoit et met en scène le spectacle C’était Marie-Antoinette.
Depuis la saison 2006-2007, Jean-Paul Scarpitta est artiste en résidence à l’Opéra National de Montpellier Languedoc-Roussillon, dont il est actuellement Directeur Désigné.
Parmi ses projets : Nabucco en 2011 à l’Opéra de Rome, sous la direction de Riccardo Muti, ainsi que la reprise de Didon et Enée en 2011 à l’Opéra de Toulon, avec la participation de Anna Caterina Antonacci.